今天的贵州省农业科学院已发展成为门类齐全、学科分布科学的省级综合性农业科研单位，为贵州全省农业增产、农民增收和农村经济发展作出了积极贡献。

1965年11月14日 中共贵州省委研究，批准贵州省农业科学研究所改建贵州省农业科学研究院，隶属省政府，院一级干部配备由省委组织部调配。

1966年3月 中共贵州省委批准建立中共贵州省农业科学研究院委员会，廖华峰任党委书记，主持贵州省农业科学研究院工作，隶属省农林政治部。

1966年5月24日 中共贵州省委农林政治部通知，贵州省农业科学研究院改建为贵州省农业科学院，内设办公室、政治部和院务处，科研业务机构不变。

1968年4月 经贵州省革命委员会批准，建立了贵州省农业科学院革命委员会，由刘汉屏任革委主任。

1973年 省委组织部和省农办研究，决定杜良俭主持贵州省农业科学院工作，隶属省农办。

1974年3月 省委组织部决定，张梦迎主持贵州省农业科学院工作。1974年12月，张梦迎任中共贵州省农业科学院核心小组组长、院革委主任。

1978年1月 中共贵州省委研究，省革委会（78）黔通字第18号文件通知，决定贵州省农业科学院为局一级事业单位。同年8月废止院革命委员会，任命张梦迎任贵州省农业科学院党组书记、院长。

1978年至1999年9月 刘支胜、高泉荪先后担任贵州省农业科学院党委书记，李堃、卢培凡、廖昌礼、高泉荪先后担任贵州省农业科学院院长，卢培凡、李桂莲先后任贵州省农业科学院名誉院长。

1983年7月22日 省人民政府（83）黔府通186号文件批复：根据黔府（1983）53号文件通知，省农委与省经委合并，省政府确定省农科院相应划归省经委隶属。

1996年2月至2001年（10月） 龚林文任贵州省农业科学院党委书记，孙文佐任副书记。

1999年7月至2002年1月 刘远坤任贵州省农业科学院院长。

2000年7月 中共贵州省委、贵州省人民政府【2000】省通字第29号《关于转发省机构编制委员会《贵州省人民政府机构改革实施意见〉的通知》指出：“原由省政府管理的省农业科学院改由省农业厅管理”。

2001年11月至2005年12月 刘龙骥任贵州省农业科学院党委书记。侯兴灵、毛秋生任副书记。

2004年5月26日 第47次省长办公会议审议通过《贵州省省属农业科研机构调整重组方案》。贵州省人民政府批准，省农业厅、科技厅、编委办以黔农发【2004】145号联合下文，将农业厅隶属的8个科研所整建制划转省农科院隶属。

2005年开展了以实践“三个代表”重要思想为主要内容的“保持共产党员先进性教育活动”。

2005年10月31日至11月7日 成功举办了贵州省农业科学院百年院庆，参会人员1500余人，其中省部级领导、院士11人，厅级领导130余人。

1978年至2005年11月 担任过院级领导还有杜良俭、姚洪显、张鸣、左汝励、李桂莲、刘世鹏、金法文、孙文佐、王天生、侯兴灵、陈泽辉。

2005年12月至2013年10月 张建任贵州省农业科学院党委书记。侯兴灵、毛秋生任副书记。

2006年1月 省农业厅隶属的8个科研所整建制划转省农科院。

2009年5月 省人民政府根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发《贵州省人民政府机构改革方案〉的通知》精神，以黔府发〔2009〕19号文件明确：贵州省农业科学院直接隶属贵州省人民政府事业单位。

2014年4月至2015年8月 毛秋生任贵州省农业科学院党委书记，侯兴灵、汪卫红任副书记。贵州省农业科学院党群部门与职能处室16个：院纪委（监察室）、党政办公室、组织人事处、宣传教育处、统战部、机关党委办公室、科研管理处、成果转化处、计划财务处、审计处、外事处（对外合作交流中心）、知识产权办公室、后勤处、保卫处、离退休处、工会。20个直属单位：水稻研究所、园艺研究所、旱粮（高粱）研究所、油料（香料）研究所、生物技术（马铃薯）研究所、土壤肥料研究所、植物保护研究所、农业科技信息研究所、现代农业发展（农产品加工）研究所、水产研究所、畜牧兽医研究所、油菜研究所、蚕业（辣椒）研究所、茶叶研究所、亚热带作物（生物质能源）研究所、草业研究所、果树科学（柑橘／火龙果）研究所、农作物品种资源（现代中药材）研究所，职工医院，附属中学。

2016年6月 赵德刚任贵州省农业科学院院长。

2019年3月 赵德刚任贵州省农业科学院党委书记、院长。

2021年1月 穆嵘坤任贵州省农业科学院党委书记、3月周维佳任院长。

2021年8月 范永海任贵州省农业科学院党委书记、10月杨著清任副书记。

2022年8月 贵州省农业科学院党群部门与职能处室调整为15个：党政办公室、发展规划处、科研管理处、科技成果转化出（基地管理处）、人事处、财务处、审计处、直属机关党委办公室、宣传处、统战部、后勤处、保卫处、离退休处、工会（团委）、直属机关纪委。

2024年7月至今傅强任贵州省农业科学院党委书记、张洪亮任院长。