1959年9月15日,成立贵州省农业科学研究所,增设新技术组和农业经济组科研机构,分别开展辐射育种、诱变育种和农业经济管理问题研究。
1961年 撤消农场管理组和药物组,成立物资供应管理组和生产性质的药物队。年底,开始强调科研工作的“三严”要求,科研工作秩序逐步恢复,科技工作以短期目标为特色,开展成熟科技成果的应用推广。
1962年8月 经中共贵州省委农林办公室党组批准,建立中共贵州省农业科学研究所委员会,省农业厅副厅长阴明村兼任党委书记,温凯廷、马忠民、郑琏玉、孙琦采4人为党委成员。此时,全所有中共党员40余人,建立了所本部和附属实验农场两个党支部。